A la recherche de nos racines humaines

Publié le par Ysia

Dans l’article paru en mars 2015 sous le titre Unravelling the hidden ancestry of American admixed populations, les auteurs Francesco Montinaro, George B.J. Busby, Vincenzo L. Pascali, Simon Myers, Garrett Hellenthal et Cristian Capelli affirment :

Le patrimoine génétique de l’Amérique a été considérablement marqué par la période coloniale et la traite transatlantique des esclaves. Étant donné les implications sur les plans historique et épidémiologique, les estimations concernant le mélange génétique de la population américaine ont fait l’objet de beaucoup d’attention. Toutefois, en dépit des preuves historiques indiquant une grande hétérogénéité dans la composition génétique des populations d’ascendance européenne et africaine, les points d’origine ont souvent été identifiés au mieux en termes de macro-régions... Afin d’obtenir une image plus précise du mélange génétique de la population américaine, nous avons utilisé une nouvelle méthode d’inférence qui permet la reconstruction du patrimoine génétique local par l’analyse d’haplotypes… Nous avons appliqué cette méthodologie dans nos analyses pangénomiques portant sur un marqueur unique (SNP) de 2,500 personnes issues des populations de l’Amérique et des Caraïbes. Nous avons comparé l’ADN des receveurs à des échantillons représentatifs des populations donatrices dans le monde comme substituts des groupes ancestraux véritables, permettant ainsi d’établir un tableau détaillé de la contribution génomique de ces groupes au mélange génétique de la population américaine… Nous avons divisé les 1414 personnes de ces 42 populations donatrices en 78 groupes génétiquement homogènes, caractérisés par la grande corrélation entre les groupes et les origines géographiques et eux-mêmes regroupés en 13 groupes dans le monde.

Les Africains sont divisés en 33 groupes. Les populations ouest-africaines présentent un haut degré d’homogénéité, les Yorubas du Nigéria formant un groupe unique et les Mandingues du Sénégal en formant deux. Les Africains dans l’Est et le Sud sont divisés en 20 groupes de trois régions distinctes (Afrique de l’Est, Afrique du Sud et Afrique du Sud-Ouest), probablement du fait de l’histoire démographique complexe de ces régions. Dans notre sélection de donateurs, le centre-sud de l’Afrique est représenté uniquement par des Bantous d’Afrique du Sud alors que les groupes de la région du sud-ouest et de l’est de l’Afrique sont exclusivement représentés par un Héréro, un Bantou d’Afrique du Sud ainsi que des Bantous originaires du Kenya. Il faut noter qu’un Héréro a été placé dans le même groupe que des Sandawe au lieu d’être mis ensemble avec les autres Héréros. Les Pygmées, Sandawe et San ont été répartis en groupes distincts…

Unravelling the hidden ancestry of American admixed populations

Les Européens sont divisés en 37 groupes regroupés en six régions géographiques. Les Sardes et les Basques forment des catégories spécifiques de population. Grâce à la méthode d’analyse par haplotypes, nous avons été en mesure non seulement d’identifier huit personnes plus étroitement liées à la population basque qu’aux Espagnols dans les données espagnoles incluses dans le Projet 1000 génomes, reflétant probablement une ascendance basque, mais aussi à les différencier de la population basque française dans le cadre des données du Projet sur la diversité du génome humain.

Nous avons identifié cinq groupes d’Espagnols (sud-ouest de l’Europe dont deux incluent un Français) qui témoignent d’une hétérogénéité non négligeable dans le pays. Le sud-est de l’Europe comprend 10 groupes composés de Roumains, de Chypriotes, d’Italiens sauf Sardaigne, de Bulgares, de Grecs et d’un seul Français. Les Italiens sont répartis en quatre groupes distincts selon leur origine géographique.

Le nord-ouest de l’Europe consiste en huit groupes de personnes originaires des Îles britanniques, des Orcades, de la Norvège, de la France, de l’Allemagne et de l’Autriche. De la même manière que pour la population basque, 23 personnes ont été regroupées avec les membres de l’échantillon orcadien issu des données du Projet sur la diversité du génome humain. Le nord-est de l’Europe est composé de huit groupes incluant des Lituaniens, des Polonais, des Biélorusses, des Hongrois, des Russes, des Allemands, des Autrichiens, des Finlandais et des Norvégiens.

Enfin, les Amérindiens et les Asiatiques du Sud (Chine) sont divisés en huit groupes...Nous avions craint que la complexité démographique et évolutive du peuplement des Amériques, à laquelle s’ajoute la forte dérive génétique au sein des populations amérindiennes, ne permette que difficilement d’identifier la contribution des Amérindiens. En particulier, les populations mélangées de cette région pourraient s’avérer très éloignées des groupes donateurs, étant donné l’échantillon géographiquement restreint des groupes donateurs. Pour en atténuer les effets, un groupe d’Asiatiques de l’Est (Chine) bien sélectionné a été considéré comme le candidat potentiel dans nos analyses en tant que porteur d’haplotypes…
L’ascendance africaine se mesure de zéro (Maya) à 0.87 (Barbade) dans les populations qui ont fait l’objet de nos analyses. La population des Caraïbes offre une composante africaine supérieure à celle des populations sud-américaines, résultats qui confirment les archives historiques citant le débarquement d’un nombre plus élevé d’esclaves dans les Îles des Caraïbes… Parmi tous les groupes donateurs africains, les Yorubas contribuent majoritairement, confirmant là encore que cette région est le premier berceau des esclaves africains. Toutefois, notre analyse approfondie suggère des contributions génétiques supplémentaires provenant d’autres régions de l’Afrique, notamment de groupes particuliers inclus dans nos échantillons de la Sénégambie (Mandingues), du sud (locuteurs de la langue bantoue d’Afrique du Sud) et de l’est de l’Afrique (locuteurs de la langue bantoue du Kenya). Les archives historiques montrent que la Sénégambie et l’Afrique du Sud-Est contribuent respectivement 6% et 4% de tous les esclaves débarqués aux Amériques (totalisant quelques centaines de milliers de personnes), incluant des groupes ethniques du Sénégal et du Mozambique qui comptent parmi les dix groupes principaux selon les archives relatives à l’esclavage. En outre, plus de 30% du nombre total d’esclaves arrivés sur le continent américain sous la domination espagnole jusqu’en 1630 venait de la Sénégambie. Nous avons en conséquence constaté que la contribution des Mandingues est relativement plus importante dans toutes les régions sous la domination historique de l’Espagne.

Notre approche dans l’identification des origines permet aussi de donner une description précise de la composante européenne qui varie de 0.078 (Barbade) à 0.79 (Puerto Rico). Nous avons identifié en particulier les Espagnols comme étant, parmi les populations de l’Europe du Sud, la population source européenne la plus représentée parmi les neuf populations hispaniques/latines. Par contraste, le pays source européen le plus représenté parmi les Noirs américains et les Barbadiens sont les groupes issus de la Grande-Bretagne, en pleine conformité avec les archives historiques; une ascendance espagnole moindre a également été déterminée dans ces groupes. Il faut noter que deux groups espagnols n’ont contribué à aucune des populations analysées, reflétant vraisemblablement un écart dans la contribution des régions ibériques au patrimoine génétique de la population américaine. Parmi les contributions génétiques plus réduites, nous avons identifié pour la première fois une signature génétique basque dans cinq des six populations de l’Amérique du Sud continentale, variant de 0.015 dans la population Maya à 0.07 en Colombie. Il a été établi que les Basques représentaient une part importante des immigrants espagnols aux XVIème et XVIIème siècles, en particulier au Mexique, à Cuba, au Chili, au Pérou et en Colombie. Ces résultats pourraient expliquer, au moins en partie, ce qui vient d’être mentionné au sujet de la structure de la composante espagnole sur le continent mais pas dans les populations des Caraïbes. Les autres groupes européens les plus représentés, qui contribuent à cinq des populations analysées sont composés d’Italiens du Sud et de Siciliens. Ceci indiquerait une contribution de moindre importance de la péninsule italienne, telle qu’elle a été établie dans les archives historiques. Il faut noter que nous avons aussi identifié une forte ascendance française dans un échantillon de Noirs-américains, conformément à l’immigration française dans le sud des États-Unis durant la période coloniale.
Au niveau individuel, l’analyse souligne une grande hétérogénéité au sein de plusieurs populations qui en ont fait l’objet. C’est particulièrement manifeste dans le cas de la population noire américaine pour laquelle la contribution estimée des Mandingues et de l’Afrique de l’Ouest dans l’ascendance africaine varie de 0 à 35% et de 0 à 100% respectivement. S’agissant de la contribution européenne, quelques-unes des personnes présentent un fort degré d’ascendance espagnole ou italienne, tandis que l’ascendance amérindienne globale varie de 0 à 65%.
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